- Kit dinámico que actualiza los genes diana del panel de acuerdo a la evidencia científica.
- Detección de SNVs e INDELs.
- Análisis de fusiones y reordenamientos (SVs) relacionados con terapias dirigidas.
- Detección de inestabilidad de microsatélites (MSI).
- Detección de CNVs de los genes seleccionados, así como pérdidas y ganancias a lo largo del genoma.
- Análisis de farmacogenética asociada con la respuesta a tratamientos quimioterapéuticos.
- Marcado molecular con UMIs que aumenta la sensibilidad del análisis bioinformático.
- Software de análisis incluido: Data genomics.
- STID: Sistema integrado de identificación de muestras para su trazabilidad.
- Cobertura: 99.3% de las bases cubiertas a una profundidad de 100X.
- Uniformidad: 98.9% de las bases cubiertas a >20% de la mediana de cobertura.
- Sensibilidad: > 99%.
- Especificidad: > 99.9%.
- El límite de detección (LOD) de SVs, SNVs, y INDELs es del 5%.
- El límite de detección de las CNVs, respecto al total de copias d una muestra, se ha establecido en un 30% cuando se produce una pérdida y en un 15% para ganancias de una copia.
- Cumple con los requisitos de calidad especificados por la ISO 13845 e ISO 14001 en lo referente a los materiales empleados en su proceso de fabricación.
- Para uso en diagnóstico in vitro.
Descripción
Análisis de los principales biomarcadores genómicos de utilidad clínica, asociados a los tumores sólidos más frecuentes, mediante un protocolo totalmente automatizado y secuenciación NGS
Formato
24 rxn
Tecnología
Secuenciación NGS
Referencia
IMG-365
Equipos compatibles
Plataformas de secuenciación Illumina
Action OncoKitDx emplea una tecnología de preparación de librerías mediante fragmentación mecánica y de enriquecimiento de las regiones de interés mediante hibridación con sondas de captura. Esta tecnología está totalmente automatizada. Posteriormente, la secuenciación masiva se lleva a cabo en plataformas de Illumina.
| Secuenciadores compatibles | Illumina NextSeq500, Illumina NextSeq2000, Illumina HiSeq, Illumina NovaSeq |
| Número de reacciones | 20 |
| Número de muestras por run | Mid Output v2.5 kit (150 cycles): 12 muestras
High Output v2.5 kit (150 cycles): 32 muestras |
| Secuenciación | Paired-end (2 x 75 ciclos) |
| Cantidad de ADN por muestra | 50-200 ng |
| Calidad de ADN recomendada | DIN >3 |
| Región genómica analizada | 500 Kb |
| Genes diana | SNVs e INDELs: AKT1*, ALK, ARID1A, ATM, ATRX, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ESR1, FGFR1, FGFR4, GNA11, GNAQ, H3F3A, HIST1H3B, HIST1H3H, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MSH2, MSH6, MTOR, MYC, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PALB2, PBRM1, PDGFRA, PIK3CA, PMS2 + 5’UTR, PTEN, POLD1, POLE, RET, ROS1, SDHA, SDHB, SDHD, TERT + 5’UTR, TSC1*, TSC2*, TP53 y VHL.
* Secuenciación de hotspot SVs: ALK (intrón 19), ATP1B1 (intrones 3 y 4), BRAF (intrones 7, 8, 9 y 10), EGFR (intrones 7, 23, 24 y 25), ETV6 (intrones 4 y 5), FGFR2 (intrón 17 y región 3’UTR), FGFR3 (intrón 17 y región 3’UTR), NTRK1 (intrones 8, 9, 10, 11 y 12), NTRK2 (intrones 12 y 15), RET (intrones 9, 10 y 11) y ROS1 (intrones 31, 32, 33, 34 y 35). |
| ADN procedente de sangre periférica, tejido fresco, congelado y parafinado |
Kits relacionados
Action OncoKitDx (Automatic)
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